“他根本不知道什么是蒼蠅什么是老虎，他拿標準一衡量，不對，上去就斗爭。”司馬南說，一些政府高官，“科研成果中有不實之處，新語絲照樣滅，這些人恨不得弄死他。”
一時之間，除了五花八門的貶抑輿論劈頭蓋臉扔過來，他還需要面對更為直接的人身恐嚇。在某次被跟蹤入戶之后，甚至連警方對此也愛莫能助，只好建議他將采集到的監控錄像等信息在博客上予以公開，希望可以起一點震懾作用。2007年，又是一場無妄之災。因打假而被告，官司敗訴，妻子的賬戶上被靜悄悄地劃走4萬元不說，對方還揚言要報仇。無奈之下，只好帶著一家老小借住到朋友家里。
現在他自己的一舉一動需要格外小心，稍有不慎就可能性命攸關。以前出門，喜歡乘坐公共交通，覺得非常便捷，但在地鐵里經常會被人認出來，出于安全考慮，不得不放棄了這一出行習慣。
“他的人身安全保障壓力是比較大的，如果出現一些意外，我個人會建議他出國，帶著家屬移居國外，輕易不要回來了。”方的朋友彭劍說，“不了解情況的人，以為這種人身危險是多么遙遠虛幻，實際上我們都知道這種危險有多大。”
“做科普工作，是面向中國公眾的，需要跟中國社會有一個密切的接觸，做講座，在國內還是比較方便一點。”這個人對自己的處境好像并不是特別發愁，“風險是必須要冒的，我只能是盡量小心。還不至于一天到晚提心吊膽的，把自己整個都約束了，那樣就更不值了。”
彭劍打算設立一個專項的打假人士人身安全保障基金，通過募集得來的資金，為方舟子雇請專職安保人員，此事在他那里看樣子是勢在必行。在最近的一次聚會上，他公開談到了這一點，但是方舟子坐在那里，沒有說話。
彭劍是一位律師，5年前開始主動向方提供無償的法律服務。為了全身心地支持方的事業，對于方所開罪過的群體或領域，他的律師事務所也力圖避免與之發生任何法律業務關系，杜絕利益牽涉，這成為他們執業中的鐵桿定律。
彭和方一樣，目前卷進了一個看不見的危險漩渦。他要求方舟子能夠將自己的日程安排事先告知他，需要出門辦事時便于布置專人陪護，但獨來獨往慣了的方舟子，依舊我行我素，舉止自若。
方舟子的殺入，破壞了很多群體苦心構織的利益機制。雖然還不清楚他將付出的最終代價是什么，但有一種不很樂觀的情緒在他周圍蔓延。
