4日正午時分，繁忙的香港突然沉靜，汽車、輪船的鳴笛聲回蕩在空氣中，寄托著全城哀思。
特區行政長官梁振英率領各主要官員及行政會議非官守議員等超過400人，在政府總部外默哀三分鐘，悼念南丫島撞船事故的38名罹難者。默哀期間，除緊急及出入境服務外，政府服務全部停止。
中央政府駐港聯絡辦公室、立法會、港交所等機構也都舉行默哀儀式。
港府在18區設立的吊唁處下午1時開放。行政長官梁振英等港府官員先后前往。中聯辦主任彭清華等也到堅尼地城社區綜合大樓簽署吊唁冊。
截至4日16時，南丫島撞船事故仍有10多名傷者留醫，其中2人傷勢危殆或嚴重。港府多個部門繼續調查工作。律政司司長袁國強表示，希望下周公布就事件成立調查委員會的詳情。教育局局長吳克儉表示，會全力協助與罹難學生有關的學校渡過難關。
