美中不足的是，此次春節包機中途必須飛經香港飛航情報區上空，只是不用在港澳降落。

此外，一直推動臺商春節包機的蔣孝嚴，因為本身不是臺商身份，不能乘搭他一手推動的春節包機，要轉折經香港往北京參與首航慶航。當時他笑稱，要在北京開豆漿店賣豆漿，做個臺商好了。

變遷節點三：春節包機不斷地突破

2006年1月20日至2月13日，第三次春節包機繼續傳遞著振奮的消息。

此次包機將不再僅僅局限于臺商群體，正式將搭乘對象擴展至持“合法證件”的臺灣居民，稱為“臺灣居民包機”。大陸方面也新增廈門作為往來城市，而繞飛香港航空管制區依然成為難以繞過的障礙屹立在那里。

此外，2006年臺灣居民春節包機首次執行了“兩岸醫護直航”的先例，而該次的病患對象是20世紀60年代的臺灣歌手葉彩育(藝名葉玲)。事后葉玲的丈夫時候表示：“沒有直航包機，我的太太可能就回不了臺灣。”

2006年似乎注定了好消息頻傳，7月起，兩岸開放“專案貨運包機”；中秋開始，兩岸包機實現節日化，在清明、端午、中秋、春節四個傳統節日期間進行。